Dois meses após a luta com Ganon (do Zelda - Ocarina of Time). O moradores de Hyrule podem agora dormir sossegados. O Mundo de Hyrule havia finalmente entrado em um estado de paz, podendo finalmente dormir sossegados.

        Certo dia, Link estava cavalgando por algum lugar dentro de Lost Woods, realmente sem nada o que fazer. Ele e Epona (Que em Majora's Mask, Link a tem como criança). Eles estão sendo observados por duas fadas-irmãs, a fada femea que se chama Tati e seu irmão(obviamente fada macho) que se chama Tael . Elas observam Link a uma certa altura, mas só observam, não tem contato com Link até uma determinada altura da abertura.

        As duas fadas aproximam-se de Link e Epona. Epona se assusta e derruba Link, que fica inconsciente. Hei que surge do meio da neblina um ser usando uma máscara estranha. Seu nome é Skullkid, e suas origens e seus fatores são coisas desconhecidas e ele é um ser incógnito até então. Vendo o que aconteceu com Link e Epona, e ciente de que Link está desacordado, Skullkid então

começa a mexer em suas coisas. Mexe em tudo, até encontrar a sagrada Ocarina of Time (não perguntem como Link a conseguiu de volta!). Skullkid pega a Ocarina e começa a fazer qualquer tipo de ruído com ela, ele só se diverte. Link acorda e se depara com a cena. Skullkid tenta disfarçar, mas acaba fugindo com a Ocarina e Epona, deixando Link e um rastro de poeira para trás.

        Link os segue, e cai em um grande buraco, onde é transportado para outra dimensão. Link cai em um mundo chamado Termina, ele chaga a um lugar completamente diferente, Link ainda está confuso.

        Enquanto Isso, Skullkid apronta mais uma. Ele joga um feitiço sobre Link, que se desliga do momento e tem a sensação de estar sendo engolido por um monstro, chamado Deku-Scrub.

        Link retoma sua consciência, volta a si e acorda depois do que parece ter sido um pesadelo, consegue então chegar até a água, mas leva um susto ao ver seu reflexo. Link teve seu corpo todo modificado, agora ele se assemelha muito a um Deku-Scrub. Enquanto isso, Skullkid está morrendo de tanto dar risada. Link começa a andar (agora, é o jogador que controla Link) e logo chega a uma vila: ClockTown é a principal vila do jogo por ter um relógio na torre. Lá, Link encontra o vendedor de máscaras da antiga Happy Mask Shop (localizada no Market do Ocarina of Time). O vendedor explica a Link que Skullkid roubou sua máscara, a Máscara de Majora, e que a máscara é a responsável por suas ações (Uepa!!), e que ele precisa ter a Máscara de Majora de volta de qualquer jeito. E Explica a Link também que o seu

mundo acabará em três dias, pois a Lua se chocará com a Terra de Termina. Link precisa então recuperar a Ocarina, Epona, recuperar a Máscara de Majora e ir embora (ou impedir) antes que a Lua caia, e agora a verdadeira aventura começa...